Locus 6

Sequence ID hg18.chr11
Location 93,106,254 – 93,106,416
Length 162
Max. P 0.989898
window9 window10 window11

overview

Window 9

Location 93,106,254 – 93,106,362
Length 108
Sequences 6
Columns 116
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 75.39
Mean single sequence MFE -25.73
Consensus MFE -17.57
Energy contribution -16.77
Covariance contribution -0.80
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -2.41
Structure conservation index 0.68
SVM decision value 2.19
SVM RNA-class probability 0.989898
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>hg18.chr11 93106254 108 - 134452384
AAACGCCUCAUAGAGUAACUCUGUGGUUUUACUUUACUCACAGGACU-AUUGUUAGAUCUGUGGGAAGGAAUUACAAGACA--GUUGC-----UAAAAGUUUGAAAAAGACGGUUG
....(((......(((((((.(((((((...((((.((((((((.((-(....))).)))))))))))))))))))....)--)))))-----)....((((.....))))))).. ( -29.10)
>rheMac2.chr14 92295789 97 - 133002572
AAACGCCUCAUAGAGUAACUCUGUGGUUUUACUUUACUCACAGGACU-AUUGUUAGGUCUGUGGGAAGGAACUACAAGACA--GUUGC-----UAAAAGUUUUAA-----------
.............(((((((.(((((((...((((.(((((((..((-(....)))..))))))))))))))))))....)--)))))-----)...........----------- ( -28.20)
>mm8.chr9 108936337 90 + 124000669
AAACGCCUCAUACAGUAACU-UGUGGUUUUACUUGACUCACAGGACUGACUGUUAGGUCUGUGGGAAGGAACUACAAGACA--GCUAA-----CAAAG------------------
............((((..((-(((((((......))).))))))))))..((((((((((((((.......)))).)))).--.))))-----))...------------------ ( -25.20)
>oryCun1.scaffold_215179 61181 96 - 62759
AAACGCCUCAUAGAGCAACUCUGUGGUUUUGCUUUGCUCACAGGACUUAUUCUUGGGUCUGUGGGAAGGAACUACAAGACA--GUUCAUUAAUCAAAG------------------
............((((...(((((((((((......(((((((.(((((....))))))))))))..)))))))).)))..--))))...........------------------ ( -26.60)
>bosTau2.chr29 549575 95 - 45822729
AAACGCCUCAUAGAGUAACUAUGUAGUUUC-CUUUACUCAUAGAACUACCUGUUAGAUCUGUGGGAAAAAACUACAAGACAAAGCUGC-CAAUUAAA-------------------
....(((((...)))...((.((((((((.-.(((.((((((((.(((.....))).))))))))))))))))))))).....))...-........------------------- ( -19.60)
>canFam2.chr21 44005684 94 + 54024781
AAACGCCUCAUAGAGUAUAUGUGUGGUUUC-CUUUAUUCACAGAACUAUAUGUUAGAUCUGUGGGAAAGAACUACAAGACA--UCUAU-CUGCUAAAA------------------
....((...(((((((.....(((((((..-((((.((((((((.(((.....))).)))))))))))))))))))..)).--)))))-..)).....------------------ ( -25.70)
>consensus
AAACGCCUCAUAGAGUAACUCUGUGGUUUUACUUUACUCACAGGACU_AUUGUUAGAUCUGUGGGAAGGAACUACAAGACA__GCUGC_____UAAAA__________________
.....................(((((((...((((.((((((((.((.......)).)))))))))))))))))))........................................ (-17.57 = -16.77 +  -0.80) 

alignment

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secondary structure

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Window 0

Location 93,106,287 – 93,106,402
Length 115
Sequences 6
Columns 119
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.78
Mean single sequence MFE -37.33
Consensus MFE -25.38
Energy contribution -24.50
Covariance contribution -0.88
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -2.94
Structure conservation index 0.68
SVM decision value 0.81
SVM RNA-class probability 0.857395
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>hg18.chr11 93106287 115 - 134452384
UAUCCCGAUGGGGCUUUUCCUGUAGCCUGCACAUCGUUGGAAACGCCUCAUAGAGUAACUCUGUGGUUUUACUUUACUCACAGGACU----AUUGUUAGAUCUGUGGGAAGGAAUUACA
..(((((((((((((........)))))...)))))..))).......(((((((...)))))))((..(.((((.((((((((.((----(....))).)))))))))))).)..)). ( -36.30)
>oryCun1.scaffold_215179 61201 115 - 62759
UAUCCCGAUGGGGCUUUCCCUAUAGCC-AUUCAUCGUUGGAAACGCCUCAUAGAGCAACUCUGUGGUUUUGCUUUGCUCACAGGACU---UAUUCUUGGGUCUGUGGGAAGGAACUACA
..((((((((.((((........))))-...)))))..))).......(((((((...)))))))((....((((.(((((((.(((---((....))))))))))))))))....)). ( -37.60)
>bosTau2.chr29 549595 114 - 45822729
UAUCCCGAUGGGGCUUUUUCUAUAAAC-CUACAUCGUUGGAAACGCCUCAUAGAGUAACUAUGUAGUUUC-CUUUACUCAUAGAACU---ACCUGUUAGAUCUGUGGGAAAAAACUACA
.....((((((((.(((......))))-)).)))))..((((((....(((((.....)))))..)))))-)....((((((((.((---(.....))).))))))))........... ( -30.50)
>canFam2.chr21 44005703 114 + 54024781
UAUCCCGAUGGGGCUUUUUCUGUAGAC-CUACAUCGUUGGAAACGCCUCAUAGAGUAUAUGUGUGGUUUC-CUUUAUUCACAGAACU---AUAUGUUAGAUCUGUGGGAAAGAACUACA
..((...(((((((.(((((((((...-.)))).....))))).))))))).)).......(((((((..-((((.((((((((.((---(.....))).))))))))))))))))))) ( -33.40)
>dasNov1.scaffold_2894 19621 112 - 85457
UAUCCCGAUGGGG---UCUCUGUAGAC-CCACAUCGUUGGAAACGCCUCACAGAGGAAUGUUGUGGUUCAGCUUUACUCACAGAACU---AUUUAUUAGAUCUGUGAGAAGGAACUACA
..(((((((((((---(((....))))-)).)))))..)))(((.((((...))))...)))(((((((..(((..((((((((.((---(.....))).)))))))))))))))))). ( -45.40)
>echTel1.scaffold_316886 83259 117 + 105239
UAUCCCGAUGGGGCCUUGUCUGUAGAC-CCACAUCGUUGGAAACGCCUCACAGAGUAACUCUGUGGUUUG-CUUUACUCGCAGAACUGCUAUUGGUUGGAUCUGUGAGGAAGAACUACA
..(((((((((((.((.......)).)-)).)))))..)))....(((((((((.(((((..(..(((((-(.......)))).))..)....)))))..))))))))).......... ( -40.80)
>consensus
UAUCCCGAUGGGGCUUUUUCUGUAGAC_CCACAUCGUUGGAAACGCCUCAUAGAGUAACUCUGUGGUUUC_CUUUACUCACAGAACU___AUUUGUUAGAUCUGUGGGAAAGAACUACA
.....(.(((((((..........(((........)))(....)))))))).)........(((((((...((((.((((((((.((..........)).))))))))))))))))))) (-25.38 = -24.50 +  -0.88) 

alignment

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Window 1

Location 93,106,303 – 93,106,416
Length 113
Sequences 6
Columns 116
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.45
Mean single sequence MFE -33.17
Consensus MFE -17.77
Energy contribution -17.25
Covariance contribution -0.52
Combinations/Pair 1.27
Mean z-score -2.33
Structure conservation index 0.54
SVM decision value 0.48
SVM RNA-class probability 0.753410
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>hg18.chr11 93106303 113 - 134452384
UAGUG-G-UUGAGGUCUAUCCCGAUGGGGCUUUUCCUGUAGCCUGCACAUCGUUGGAAACGCCUCAUAGAGUAACUCUGUGGUUUUACUUUACUCACAGGACU-AUUGUUAGAUCU
(((((-(-(((((((.(.(((((((((((((........)))))...)))))..))).).)))))...........(((((((........)).)))))))))-))))........ ( -34.40)
>rn4.chr8 116927323 106 + 129041809
--------UUGAGGUCUAUCCCGAUGGGGCUUCGUUAGUAGCC-ACACAUCGUUGGAAACGCCUCAUAUAGUAACU-UGUGGUUUUGCUUGACUCGCAGGACUGUUUGUUAGGUCU
--------.((((((.(.((((((((.((((.(....).))))-...)))))..))).).)))))).....((((.-.(..(((((((.......)))))))..)..))))..... ( -37.30)
>oryCun1.scaffold_215179 61217 108 - 62759
-------GUUGAGGUCUAUCCCGAUGGGGCUUUCCCUAUAGCC-AUUCAUCGUUGGAAACGCCUCAUAGAGCAACUCUGUGGUUUUGCUUUGCUCACAGGACUUAUUCUUGGGUCU
-------..((((((.(.((((((((.((((........))))-...)))))..))).).))))))..((((((....((......)).))))))...(((((((....))))))) ( -35.50)
>bosTau2.chr29 549611 106 - 45822729
--------UUGAGGUCUAUCCCGAUGGGGCUUUUUCUAUAAAC-CUACAUCGUUGGAAACGCCUCAUAGAGUAACUAUGUAGUUUC-CUUUACUCAUAGAACUACCUGUUAGAUCU
--------.((((((.(.(((((((((((.(((......))))-)).)))))..))).).)))))).(((.((((...(((((((.-...........)))))))..))))..))) ( -27.10)
>canFam2.chr21 44005719 106 + 54024781
--------UUGAGGUCUAUCCCGAUGGGGCUUUUUCUGUAGAC-CUACAUCGUUGGAAACGCCUCAUAGAGUAUAUGUGUGGUUUC-CUUUAUUCACAGAACUAUAUGUUAGAUCU
--------.((((((.(.(((((((((((((........)).)-)).)))))..))).).)))))).(((....(((((((((((.-...........)))))))))))....))) ( -28.40)
>dasNov1.scaffold_2894 19637 107 - 85457
---UGG--CUGAGGUCUAUCCCGAUGGGG---UCUCUGUAGAC-CCACAUCGUUGGAAACGCCUCACAGAGGAAUGUUGUGGUUCAGCUUUACUCACAGAACUAUUUAUUAGAUCU
---...--.((((((.(.(((((((((((---(((....))))-)).)))))..))).).))))))..(((....((((.....))))....)))..(((.(((.....))).))) ( -36.30)
>consensus
________UUGAGGUCUAUCCCGAUGGGGCUUUUUCUGUAGAC_CCACAUCGUUGGAAACGCCUCAUAGAGUAACUCUGUGGUUUUGCUUUACUCACAGAACUAUUUGUUAGAUCU
.........((((((.(.((((((((.....................)))))..))).).))))))...........((((((........)).))))((.(((.....))).)). (-17.77 = -17.25 +  -0.52) 

alignment

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