Locus 5

Sequence ID hg18.chr11
Location 93,105,204 – 93,105,320
Length 116
Max. P 0.569349
window8

overview

Window 8

Location 93,105,204 – 93,105,320
Length 116
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.77
Mean single sequence MFE -32.70
Consensus MFE -24.86
Energy contribution -24.17
Covariance contribution -0.69
Combinations/Pair 1.27
Mean z-score -1.47
Structure conservation index 0.76
SVM decision value 0.07
SVM RNA-class probability 0.569349
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>hg18.chr11 93105204 116 - 134452384
UCAUAAUUGCACUGCAUGGUAUCUGCACUCAGCAGUUU-ACACCUGCUAGGGUGUUCAAAGGUCAGUGCUAUAGAAAUUCAGUAUCUGGCAUCGUUGGUUUU---CUUGGCUUUGUGCUU
........((((......(((.((((.....))))..)-))....(((((((...((((..(((((((((..(....)..)))).)))))....))))...)---))))))...)))).. ( -32.90)
>rn4.chr8 116926073 107 + 129041809
-------UGCACUGCAUGGUAUCUGCACUCAGCAGUUC-UUUCCUGUUGGG-UGUUCAAAAGACAGUGCGAUAGAAAUUCAUUAUCUGGCAUCGUUGGUUU----CUUGGCUUUGUGCAU
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>mm8.chr9 108935325 111 + 124000669
AUUU---UGCACUGCAUGGUAUCUGCACUCAGCAGUUC-UUUCCUGUUGGG-UGUUCAAAAGACAGUGCUAUAGAAACUCACUAUCUGGCAUCGUUGGUUU----CUUGGCUUUGUGCAU
....---(((((.((((((((.(((((((((((((...-....))))))))-)).((....)))))))))))(((((((.((...........)).)))))----))..))...))))). ( -33.80)
>canFam2.chr21 44004670 116 + 54024781
UCAGGAUUGCACUGCAUGGUAUCUGCACUUAGCAGCUCAGGUCCUGCUGGG-UGUUCAAAAGACAGUGCAAUAGAAAUUCAGUAUCUGGCAUCGUUGGUUUU---CUUGGCUUCGUGCAU
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>loxAfr1.scaffold_28145 17317 113 + 37299
UCGC---UGCACUGCAUGGUAUCUGCAUUCAGCAGUUC-ACUCCUGCUGGGAUGUUCCAAGGACAGUGCGACAGAAAUUCAGUAGCUGGCAUCGUUGGUUUU---CUUGGCUUUGUGCAU
..((---((((((((.(((.....(((((((((((...-....))))).)))))).)))..).)))))))(((((...((((.(((..((...))..)))..---.)))).))))))).. ( -33.50)
>monDom4.chr4 174695190 114 + 430141050
UCAAGACUGCACUGUAUGGUAUCUGCAUCCAGCAAU---AUUAUUGUUGGGGUGUUCAAAAGACAGUGCUAUAGAAAUUCAGUAUCUGGCAUCGUUGGUUUCAUGCUUG---UCAUGCAU
....(((......((((((.(((.((..((((((((---...))))))))(((((((....))(((((((..(....)..)))).)))))))))).))).))))))..)---))...... ( -28.30)
>consensus
UCAU___UGCACUGCAUGGUAUCUGCACUCAGCAGUUC_AUUCCUGCUGGG_UGUUCAAAAGACAGUGCUAUAGAAAUUCAGUAUCUGGCAUCGUUGGUUUU___CUUGGCUUUGUGCAU
........((((((..(.......(((((((((((........)))))))).))).....)..))))))...................((((....((((........))))..)))).. (-24.86 = -24.17 +  -0.69) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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